1937-ci ildə SSRİ EA Azərbaycan filialının tərkibində coğrafiya sektoru yaranır və bununla da keçmiş SSRİ və dünya elmi miqyasında özünəməxsus yeri оlan Azərbaycan coğrafiya məktəbinin əsası gоyulur, coğrafiya elmi üzünün təsvir funksiyasını başa vurur, Azərbaycanda coğrafiya elmi üzrə sistemli tədqiqatlar başlanır. I.V. Fiqurоvski, H.Ə. Əliyev, R.V. Kоvalyоv və H.B. Əliyev kimi görkəmli alimlərin rəhbərlik etdiyi bu sektorun səkkiz illik fəaliyyətində tədqiqatlar fiziki və iqtisadi coğrafiya, torpaq coğrafiyası, xəritəçilik, seysmоlоgiya və astrоnоmiya üzrə aparılmışdır.  Azərbaycan Mərkəzi İcraiyyə Komitəsinin «Respublikanın təbii ehtiyatlarının öyrənilməsi və rayonlaşdırması haqqında» 1925-ci il tarixdə verdiyi qərar əsasında Coğrafiya sektoru yaradılır.

1945-ci il may ayının 1-də həmin sektor əsasında Azərbaycan EA Coğrafiya İnstitutu yaradılır və H.B. Əliyev onun direktoru təyin olunur. 70 illik fəaliyyəti dövründə bu İnstituta H.B. Əliyevdən (1945-1948) başqa Ə.M. Şıxlinski (1948-1951); Ə.A. Mədətzadə (1951-1957); Q.K. Gül (1957-1964); S.H. Rüstəmov (1964-1967); H.Ə. Əliyev (1967-1988), B.Ə. Budaqоv (1988-2012), R.M.Məmmədov (2012-2021) kimi görkəmli alimlər rəhbərlik etmişlər.

1945-ci ilin iyul ayından İnstitutda fiziki və iqtisadi coğrafiya, xəritəçilik şöbələri fəaliyyət göstərməyə başlamışdır. Əsas tədqiqat mövzularından biri dağlıq ölkələrin coğrafiyası olmuşdur. İlk illərdə əməkdaşların heç birinin elmi dərəcəsi olmasa da, artıq 1947-ci ildə İnstitutda çalışan 20 nəfərdən 11-i elmlər namizədi idi, 3 nəfər isə aspiranturaya qəbul edilmişdi.

Coğrafiyanın tədqiqat obyekti və mövzularının genişliyi, kadr potensialı nəzərə alınaraq 1950-ci illərdə İnstitutda 6 şöbədən ibarət yeni struktur yaranır.

1959-cu ildən İnstitutda “Xəzər dəniz problemləri mərkəzi” fəaliyyət göstərməyə başlayır. 

1963-cü ildə İnstitutda 162 əməkdaş çalışmıçdı. 73 nəfər elmi işçidən 5 nəfəri elmlər doktoru, 20 nəfəri isə elmlər namizədi idi.

1968-ci ildə 6 problem üzrə elmi-tədqiqat işləri aparılmışdır. İnstitut əməkdaşlarının sayı 214 nəfərə çatmışdı. 108 elmi işçidən 7-si elmlər doktoru, 40 nəfəri isə elmlər namizədi idi, aspirantların sayı 24 nəfərə çatmışdı. İnstitutda Elmlər Akademiyasının iki həqiqi üzvü, 1970-ci ildə isə bir müxbir üzvü (Q.K.Gül) fəaliyyət göstərmişdir.

1970-ci ildə “Azərbaycan SSR iqlimi” monoqrafiyasının əsas müəllifləri (Ə.Şıxlinski, Ə.Mədətzadə, Ə.Əyyubov) Respublika Dövlət Mükafatı Laureatı adına layiq görüldülər.

1975-ci ildə İnstitut əməkdaşları 8 problem üzərində çalışırdılar. Bu problemlər 14 mövzu və 19 iş üzrə başa çatdırılmışdı. Həmin il İnstitutda 273 nəfər, o cümılədən 123 elmi işçi, 9 elmlər doktoru (onlardan biri EA-nın həqiqi üzvü), 45 elmlər namizədi çalışırdı, 21 nəfər aspiranturada təhsil alırdı.

1985-ci ildə 5 problem, 25 mövzu və 28 iş başa çatmışdı. Bundan əlavə, 4 iş üzrə təsərrüfat müqaviləsi yerinə yetirilmişdi. Həmin il İnstitutda 194 nəfər, o cümlədən 100 elmi işçi, 10 elmlər doktoru, 38 nəfər elmlər namizədi fəaliyyət göstərirdi. Aspirantların sayı 26 nəfər idi.

1990-cı ildə İnstitut əməkdaşlarının sayı 252 nəfər olmuşdu. Həmin il İnstitutda çalışan elmlər namizədlərinin sayı 75 nəfərə çatmışdı.

Azəbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 01.02.1994-cü  il tarixli, 30 saylı qərarı ilə AMEA-nın Coğrafiya İnstitutuna akademik Həsən Əliyevin adı verilmidir.

2005-ci ildə İnstitut 13 elmi-tədqiqat şöbəsindən idarət idi. İnstitutda 228 nəfər, o cümlədən, bir akademik, iki müxbir üzv, 9 elmlər doktoru, 51 elmlər namizədi çalışırdı. İnstitutun nəzdində coğrafiya elminin dörd istiqaməti üzrə İxtisaslaşdırılmış Dissertasiya Şurası fəaliyyət göstərirdi. İnstitut əsasən iki mühüm elmi problem üzərində fəaliyyətini davam edirdi.

Coğrafiya İnstitutunun nəzdində fəaliyyət göstərən Elmi Şura İnstitutun daxili məsələlərini müzakirə edir. Elmi Şurada elmi-tədqiqat işlərinin prioritet istiqamətləri müəyyən edilir, mövzuları və işləri təsdiq edilir, başa çatmış elmi-tədqiqat işləri müzakirə və qəbul edilir. Elmlər şurasında başa çatmış elmi işlər içərisindən ən mühüm elmi nəticələr müəyyənləşdirilir, Yer Elmləri Bölməsinə və AMEA Rəyasət Heyətinə təqdim edilir. Elmi Şurada çöl elmi-tədqiqat işlərinin planları də müzakirə və qəbul edilir.

AMEA Rəyasət Heyətinin 17 oktyabr 2013-cü il tarixli Qərarına əsasən 2013-cü ilin noyabrından İnstitutda Gənc Alim və Mütəxəssislər Şurası fəaliyyət göstərir. Şura gənclərin elmi potensialının artırılması, onların elmi tədqiqatlara yaxından cəlb edilməsi, elmi təşəbbüs və təkliflərinin stimullaşdırılması və s. məqsədlərə xidmət edir.

2014-cü ildən Coğrafiya İnstitutu nəzdində Bakı Dövlət Universitetinin Coğrafiya fakültəsində tədris prosesinin elmi-tədqiqat əlaqələndirilməsi, Universitet və İnstitut arasında elmi-tədqiqat və kadr hazırlığı sahəsində əməkdaşlığın yaradılması və inkişaf etdirilməsinə xidmət edən Elm və Tədris Mərkəzi (ETM) fəaliyyət göstərir.

2014-2015-ci illərdə İnstitut tərəfindən hazırlanmış və dərc edilmiş “Azərbaycan Respublikasının Coğrafiyası” adlı fundamental trilogiya 2016-cı ildə ölkənin ən ali mükafatı olan Elm sahəsi üzrə Azərbaycan Respublikasının Dövlət Mükafatına layiq görülmüşdür.

2016-cı ildə AMEA akademik H.Ə.Əliyev adına Coğrafiya İnstitutunun yeni strukturu təsdiq olundu. Yeni struktura əsasən İnstitutda Fiziki-Coğrafiya, İnsan Coğrafiyası, Xəzər Dənizi Problemləri istiqamətləri və Coğrafi İnformasiya mərkəzinə daxil olan 18 şöbədə elmi-tədqiqatlar aparılır.

İnstitutda elmlər doktoru və fəlsəfə doktoru hazırlanması, magistrlərin elmi-təhsil fəaliyyətlərini təşkil etmək məqsədi ilə 2016-cı ildə Təhsil şöbəsi yaradılmışdır.

2021-ci ildə AMEA akademik H.Ə.Əliyev adına Coğrafiya İnstitutunun yeni strukturu təsdiq olundu. Yeni struktura əsasən İnstitutda Fiziki-Coğrafiya, İnsan Coğrafiyası, Xəzər Dənizi Problemləri istiqamətləri  ləğv edildi  və hazırda İnstitutda 18 şöbədə elmi-tədqiqatlar aparılır.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 28 iyul 2022-ci il tarixli Fərmanına əsasən akademik Həsən Əliyev adına Coğrafiya İnstitutu Azərbaycan Respublikasının Elm və Təhsil Nazirliyinin tabeliyinə verilmişdir.