Зейналова Саида Мариф кызы проводит научные исследования в области ландшафтоведения (2-00-23). В 1998 году защитила диссертацию на соискание ученой степени кандидата географических наук по теме «Индикаторное дешифрирование аридных ландшафтов южного склона Юго-Восточного Кавказа». В настоящее время она работает над докторской диссертацией на тему «Геодинамические закономерности формирования ландшафтов западного побережья Каспийского моря».

С.М.Зейналова — известный специалист по дешифрированию аридных и семиаридных комплексов ландшафтно-индикационным методом. Она является автором многочисленных  научных статей, посвященных этой проблеме, и успешно выступала на научных конференциях, проводимых в нашей стране и за рубежом. Она опубликовала более 50 научных статей в этой области.

С.М.Зейналова является одной из ответственных исполнительниц различных научных и отчетных работ, выполняемых в институте с 1996 года. Эти исследования посвящены изучению проблем дифференциации современных ландшафтов, экологического состояния территорий распространения грязевых вулканов, аридных и полуаридных комплексов с использованием метода ландшафтной индикации. Особое значение имеют ее исследования по изучению экологического состояния современных ландшафтов Малого Кавказа и оптимизации антропогенного воздействия на них, закономерностей дифференциации современных ландшафтов побережья Каспийского моря, северо-восточных и юго-восточных склонов Большого Кавказа, Кура-Араксинской низменности, а также оценке их экологического потенциала и экологического разнообразия.

Особо следует отметить исследования С.М.Зейналовой аридных ландшафтов южного склона Юго-Восточного Кавказа. Ею впервые была изучена эта территория на основе метода индикационного дешифрирования аэрокосмических снимков и были составлены крупномасштабные (1:100 000) карты отдельных участков региона. Она первой разработала стандартные дешифровочные знаки для изучения аридных геосистем. Данный стандарт также использовался для оценки экологического потенциала аридных геосистем Джейранчольско-Аджинохурской низменности с использованием декодирующих признаков.

Большой интерес представляет ее исследование экологического потенциала аридных ландшафтов юго-восточной части Большого Кавказа (2006). Она изучила ландшафты региона по отдельным компонентам и оценила экологический потенциал территории.

В настоящее время С.М.Зейналова работает над проблемой формирования и развития аридных и семиаридных геосистем западного побережья Каспийского моря. Ее научный доклад «Ландшафтно-экологическая характеристика геосистем западного побережья Каспийского моря» на тему «Географические проблемы Прикаспийского региона и пути изучения устойчивого развития территорий» (2014) был заслушан на XVIII сессии Объединенного ученого совета Международных ассоциаций академий наук, посвященной фундаментальным проблемам географии.

С.М.Зейналова является активным организатором преподавания и пропаганды географии. Она читает лекции студентам и аспирантам по различным дисциплинам на географическом факультете БГУ.