В 1937 г. на основе приказа Азербайджанского Центрального Комитета от 1925 г. «Об изучении природных ресурсов республики и районировании» в составе Азербайджанского филиала АН СССР был создан сектор географии, тем самым были заложены основы азербайджанской школы географии, всегда занимавшей особое место в научной среде бывшего СССР.

С образованием данного сектора наука география завершила свою описательную функцию и в Азербайджане начинаются системные географические исследования.

Под руководством таких великих ученых как И.В. Фигуровский, Г.А. Алиев, Р.В. Ковалев и Г.Б. Алиев в течение восьмилетней деятельности сектора проводились исследования по физической и экономической географии, географии почв, картографии, сейсмологии и астрономии.

1 мая 1945 г. на базе данного сектора организуется Институт географии АН Азербайджанской ССР, директором которого назначается Г.Б. Алиев.

За 60-летнюю деятельность института помимо Г.Б. Алиева (1945-1948) им руководили А.М. Шихлинский (1948-1951), А.А. Мадатзаде (1951-1957), Г.К. Гюль (1957-1964), С.Г. Рустамов (1964-1967), Г.А. Алиев (1967-1988) и Б.А. Будагов (1988-2012).

С июля 1945 г. в институте начинают действовать отделы физической и экономической географии, картографии. Одной из основных тем исследований становится география горных стран. Несмотря на то, что в первые годы не было ни одного сотрудника с ученой степенью, уже в 1947 г. из работающих  в институте 20 человек 11 были кандидаты наук, а 3 человека поступили в аспирантуру.

Принимая во внимание обширность объектов и тем географических исследований, кадрового потенциала в 1950 г. структуру института составляло уже 6 отделов.

С 1959 г. при Институте географии действует «Центр проблем Каспийского моря».

В 1963 году в институте работало 162 сотрудника. Из 73 научных сотрудников 5 докторов наук и 20 кандидатов наук.

В 1968 г. проводились научные исследования по 6 проблемам. Численность сотрудников института достигла 214 человек. Из 108 научных сотрудников 7 докторов наук, 40 кандидатов наук, количество аспирантов достигло 24 человек. Один действительный член Академии наук (Х.А. Алиев) и один член-корреспондент (Г.К. Гюль) в 1970 г.

В 1970 г. основные авторы монографии «Климат Азербайджанской ССР» (А. Шихлинский, А. Мадатзаде, А. Айюбов) были удостоены звания лауреата Государственной премии Республики.

В 1975 г. сотрудники института работали над 8 проблемами. Эти задачи были выполнены по 14 темам. В том же году в институте работало 273 человека, в том числе 123 ученых, 9 докторов наук (из них один действительный член Академии наук), 45 кандидатов наук, 21 человек обучались в аспирантуре.

В 1985 г. выполнено 5 задач, 25 тем и 28 этюдов. Кроме того, по 4 делам реализованы хозяйственные договоры. В том же году в институте работало 194 человека, в том числе 100 ученых, 10 докторов наук, 38 кандидатов наук. Количество аспирантов составило 26 человек.

В 1990 году численность сотрудников института составляла 252 человека. В том же году количество кандидатов наук, работающих в институте, достигло 75 человек.

Постановлением Кабинета Министров Азербайджанской Республики № 30 от 01.02.1994 г. Институту географии НАНА присвоено имя академика Гасана Алиева.

В 2005 году в институте имелось 13 научных отделов. В институте работало 228 человек, в том числе один академик, два члена-корреспондента, 9 докторов наук, 51 кандидат наук. В институте действовал Специализированный диссертационный совет по четырем направлениям географии. Институт продолжал работать над двумя важными научными проблемами.

Ученый совет Института географии обсуждает внутренние вопросы института. Ученый совет определяет приоритетные направления научных исследований, утверждает темы и работы, обсуждает и принимает научно-исследовательские работы. На Ученом Совете, наиболее важные научные результаты определяются на основе выполненных научных работ и представляются в Отделение наук о Земле и Президиум НАНА. Планы полевых исследований также обсуждаются и принимаются Ученым советом.

В 2016 году утверждена новая структура Института географии имени академика Г.А. Алиева НАНА. Согласно новой структуре, институт ведет исследования в 18 отделах, входящих в географический информационный центр Института по направлениям физической географии, географии человека, проблем Каспийского моря.

В целях подготовки в институте докторов наук и докторов философии, организации научной и образовательной деятельности магистров в 2016 году создан Отдел образования.

В 2021 году утверждена новая структура Института географии имени академика Г.А. Алиева НАНА. Согласно новой структуре, институт ведет исследования в 18 направлениях, включенных в состав Геоинформационного центра. Направления физической географии, географии человека, проблем Каспийского моря были упразднены.